על מנת להפיק חשבונית דיגיטלית יש לעבוד עם תוכנה להנהלת חשבונות אשר מאפשרת הפקה של חשבונית דיגיטלית.
אפשר להפיק את החשבונית בצורה ידנית, או בצורה אוטומטית.
הפקה ידנית
יש להכנס אל מערכת הנהלת החשבונות, ליצור מסמך חדש ולהקליד את פרטי החשבונית: הלקוח, פרטי העסקה ועלויות.
בכל תוכנה להנהלת חשבונות אופן הפקת החשבונית בצורה ידנית הינה מעט שונה. מומלץ לשוחח עם התמיכה הטכנית של התוכנה על מנת לקבל תמיכה בנושא.
הפקה אוטומטית
יש לחבר את מערכת הנהלת החשבונות לאתר המכירות, ובכך בכל רכישה באשראי או בפייפאל תופק אוטומטית חשבונית דיגיטלית ללקוח אשר תישלח אליו למייל.
חיבור האתר למערכת הנהלת החשבונות נעשה באופן חד פעמי באמצעות ממשק בין תוכנות המכונה API.
לאחר החיבור, בכל רכישה באתר באמצעות כרטיס אשראי או בפייפאל תופק אוטומטית חשבונית עבור הלקוח. במקרה של רכישה טלפונית, יש להתחבר למערכת הנהלת החשבונות ולהפיק חשבונית בצורה ידנית.